В структуру Института входят шесть кафедр: геоэкологии и прикладной геохимии, месторождений полезных ископаемых, общей и инженерной геологии, океанологии, социально-экономической географии и природопользования, физической географии, экологии и охраны природы, а также филиал Гидрохимического института Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды.